海洋渔业水域生态环境调查监测。研究重要渔业水域的环境变化趋势，包括水产种质资源保护区、增殖放流海域、网箱养殖区和贝类养殖区等渔业水域的周年常规监测。
海洋与渔业环境典型污染物调查监测技术研究。研发适用于近岸海域环境的样品采集设备、样品前处理装置及典型污染物检测技术，构建海洋渔业环境中痕量和新型化学污染物识别分析方法。
海洋与渔业环境污染修复治理技术研究及应用。围绕“五水共治”和美丽乡村建设，重点开展重要渔港水域环境监测评价及治理对策研究，开展水产养殖尾水和海域各类污染物修复治理关键技术研究及应用。
海洋工程建设对海洋生态环境和渔业资源影响评估技术研究。围绕新能源、石化工业等海洋工程项目，开展特征污染物对重要水产生物的毒理学研究，评估海洋工程建设对对海洋生态环境和渔业资源影响。